窝沟封闭的操作一般分为清洁牙面、酸蚀、冲洗和干燥等六个步骤。首先清洁牙齿表面，在酸蚀和密封之前，应彻底清洁牙齿表面，尤其是凹坑和凹槽。主要方法是用小锥形刷子或蘸有适量清洁剂的橡胶杯刷牙，或用浮石粉或牙膏清洁牙齿表面。用棉球将齿面擦干，然后用刷子或小棉球蘸酸蚀剂，放在待封闭的齿面上进行酸蚀。

自凝封闭剂涂布后1-2分钟即可自行固化。光固化封闭剂涂布后，立即用可见光源照射，引发固化。照射距离约离牙尖1mm，照射时间通常为20-40秒，具体照射时间要根据可见光源性能与使用的封闭材料类型决定。照射的范围要大于封闭剂涂布的范围。封闭剂固化后，用尖锐的探针进行全面检查，观察其固化程度，与牙面的粘接情况，确认有无气泡存在，寻找遗漏或未封闭的窝沟并重新封闭，检查咬合是否过高，如果发现问题及时处理。如果封闭剂没有填料，咬合高点可不调和，2-3天后可被磨去；如果使用含有填料的封闭剂，应调整咬合。封闭后，还应定期（3个月、半年或一年）复查，观察封闭剂保留情况，如脱落应重新封闭。